제 트윅되지 않은 Windows10 Pro x64에서 검색해보니 VC 관련 파일들이 위처럼 검색되네요.
위 검색 내용은 일례이겠지만
삭제된 파일들 중 관련된다고 추정되는 것들 하나하나 복구해 가며 테스트해 보면 혹시 해결될 수도 있겠네요.
노가다가 좀 필요할 것 같습니다.

전에 PE 용량 1~2메가 더 줄여 볼려고 저런 노가다 해본 적이 있지요.
전 요즘 실컴에서는 WinSxS 건들지 않습니다.
많이 쓰는 Windows Update Clean Tool 조차 에러를 경험한 이후에는 잘 쓰지 않습니다.
좀 무겁더라도 안정적인 게 좋다 싶어서지요.

winsxs 폴더는 윈도우업데이트에 필요한 파일들이 들어있는데, 시스템에서 관리되므로 무조건 지우시면 안됩니다.

winsxs 폴더를 정리하시려면, 명령프롬프트를 관리자권한으로 실행하신 후에,

Dism /Image:C:testoffline /Cleanup-Image /StartComponentCleanup

위 명령을 실행하신 후 재부팅 하시면 됩니다. 그러면 불필요한 파일들만 정리가 됩니다.

윈도우업데이트에 해당 되는 재패포 패키지라면 설치 안됩니다.
예) .Net 관련 패키지 등은 안된다 보시면 됩니다.
윈도우 기본 기능 이외의 재패포는 가능합니다.
예) Visual C 관련 패키지는 가능합니다.

사용하신 윈도우 버전은 어떤 건가요?

사용하신 버전에서 삭제해서 Lite버전을 만든 것인데... 참 아이러니 하네요...
딱히 뭐가 문제라 말씀드리기 힘든 경우입니다.
원본 WinSxS폴더를 Lite 버전 것으로 대체해서 사용해 보심이 어떨런지요...
사용해보지는 않았지만 WinSxS폴더가 Windows Hello에 영향을 미치지는 않을 것 같습니다.